La Villa del Cardinale fu costruita nella metà del Cinquecento dal cardinale Fulvio della Corgna, nipote di papa Giulio III del Monte.
Il patrimonio terriero della famiglia della Corgna si estendeva dal Trasimeno alla pianura del Tevere, in prossimità della città di Perugia, e in tale posizione strategica la villa svolse, sin dall’inizio, la duplice funzione di prestigiosa residenza di campagna e di centro di una vasta azienda agricola.
Il progetto dell’intero complesso, la cui paternità viene da alcuni attribuita all’architetto perugino Galeazzo Alessi, da altri al Vignola, interessa l’intero colle.
La struttura del palazzo, di grandi dimensioni, si presenta compatta nella sua pianta rettangolare, sviluppandosi su cinque livelli: seminterrato, piano rialzato, primo piano nobile, secondo piano e sottotetto.
Edificata nel 1575 dal cardinale come residenza estiva, attraversò varie vicissitudini legate al declino della famiglia. Nel 1644 Fulvio II, ultimo marchese e duca di Castiglione, vendette il maestoso edificio al conte Cornelio II Oddi, esponente di una importante ed antica famiglia perugina. Nel 1782 con il matrimonio tra Caterina Oddi ed Alessandro Baglioni la villa divenne proprietà degli Oddi-Baglioni che, nel secondo Ottocento, ne fecero un apprezzato luogo d’incontro culturale. Venduta nel 1926 all’avvocato Luigi Parodi, passò nel 1997 al Ministero per i Beni Culturali.
L’antico impianto cinquecentesco delle aree verdi circonstanti l’edificio prevedeva un giardino all’italiana associato a una vasta zona di orti, frutteti, uliveti.
Nel Seicento e Settecento l’impianto severo della villa subì notevoli trasformazioni ad opera degli Oddi, che interessarono soprattutto il contesto ambientale circostante: furono costruiti i torricini a forma di L negli spigoli anteriori del terrazzamento e quelli cilindrici posti nel retro. Lo spazio circostante la villa fu trasformato ed arricchito, nel corso dell’Ottocento, di scalinate, fontane, statue, vasi, pinnacoli e balaustre. L’intervento di maggior respiro, tuttavia, effettuato sotto la proprietà Oddi-Baglioni, riguarda la creazione del ampio parco “all’inglese” secondo il gusto affermatosi nel corso del secolo XVIII ad opera di William Kent e Alexander Pope. La fama della fastosa residenza risuonò oltre i confini locali, tanto da indurre l’imperatore d’Austria Francesco I, di passaggio a Perugia nel 1819, a visitare la Villa del Colle.
Il complesso naturalistico, esteso in 13 ettari, di straordinario fascino paesaggistico e di indiscusso pregio monumentale, riveste ancor oggi un grande interesse scientifico, per la varietà e la ricchezza delle specie botaniche.